本发明公开了一种高压开关柜在线故障诊断方法及系统，包括以下步骤：步骤S1、为高压开关柜创建第一故障诊断线程和第二故障诊断线程两条耦合的故障诊断线程；步骤S2、利用第一故障诊断线程为高压开关柜中所有控制开关建立表征控制开关稳定性的信任度指标，并依据信任度指标对控制开关的开关参量采集的时序密度进行自适应调整；步骤S3、第一故障诊断线程按照时序密度对控制开关进行开关参量的采集；步骤S4、第二故障诊断线程依据自诊断因子实时判定出每个控制开关类别中处于故障运行的控制开关以完成高压开关柜的在线故障诊断。本发明为故障诊断创建两条线程，采集时长的自适应调整会提高故障检测的及时性，更为符合实时、在线、准确的要求。