本发明提供了一种新型的燃料电池系统及其控制方法。该系统包括燃料电池电堆，氢气子系统，空气子系统，冷却子系统，负载控制子系统，气体震荡器和气体震荡器控制器，气体震荡器设置于氢气子系统和/或空气子系统的进气部分，以产生不同频率和幅值的震荡通气；气体震荡器控制器设置于电力输出回路中，气体震荡器控制器包括电堆阻抗检测模块和气体震荡器控制模块，电堆阻抗检测模块在线监测燃料电池电堆运行阻抗，气体震荡器控制模块用于控制气体震荡器的气体压力或流量的频率和幅值，电堆阻抗检测模块、气体震荡器控制模块、气体震荡器形成一个在线反馈控制回路，实现燃料电池电堆以最小阻抗运行，气体震荡器以最佳频率和幅值进行工作的运行状态。