本发明提供了一种直线电机专用编码器，包括壳体，在壳体内设置有PCB板。所述PCB板上设置有线性相对编码电路、UVW换向信号采集电路、细分电路、第一差分信号转换电路以及第二差分信号转换电路。所述线性相对编码电路包括2个模拟量线性霍尔传感器，所述UVW换向信号采集电路包括3个数字贴片霍尔传感器，所述2个模拟量线性霍尔传感器规布于3个数字贴片霍尔传感器形成的间隙中，上述5个霍尔传感器排布在一条直线上。本发明解决了直线电机运动系统传统外置编码器的抗噪性能差、抗污染环境能力差、安装需要精加工精度面的问题，同时依然保证1um/count的分辨率，且对比传统增量式编码器的驱动逻辑更稳定、可靠、准确。