本发明涉及一种获得紫薇属与黄薇属属间杂种的方法，具体步骤如下：1)以黄薇属的柳叶黄薇为母本、紫薇属的紫薇为父本，进行属间人工杂交；2)杂交后对母本柱头喷施激素保果，取未成熟果实进行胚拯救，获得杂交后代材料；3)对杂种后代进行形态学观察，并采用SSR分子标记进行杂种鉴定，获得紫薇属与黄薇属属间杂种。利用本发明提供的方法，实现了紫薇属与黄薇属属间基因交流，获得了属间杂交新种质，使利用属间杂交培育紫薇新品种成为可能，本发明提供的方法也可用于近缘属亲缘关系研究。