本发明涉及发动机控制领域，尤其涉及发动机超级爆震后处理方法及系统。通过循序渐进的采用喷油加浓控制、气量减少控制、断油指令控制进行发动机超级爆震后处理，可针对不同程度的超级爆震采取针对性的控制措施，能够准确有效的控制发动机超级爆震现象；通过对超级爆震后处理气量减少控制和超级爆震后处理断油指令控制的相关系数进行自学习更新，能够快速、及时地对发动机超级爆震进行响应，有效保护发动机不被损坏；不仅分析判断了超级爆震异常燃烧连续发生的次数、对应气缸及对应工况，还分析判断了超级爆震未异常燃烧的连续燃烧次数、对应气缸及对应工况，使超级爆震后处理的效果更加精确，且能够保证车辆的动力性和平顺性。