本发明公开了一种磁轴承系统及其控制方法、装置、存储介质及处理器，该方法包括：利用观测设备，观测所述磁轴承系统的总扰动，得到所述磁轴承系统的观测扰动；以及，利用预测模型，预测所述磁轴承系统的至少部分扰动，得到所述磁轴承系统的预测扰动；根据所述观测扰动和所述预测扰动，确定所述磁轴承系统的控制量，以根据所述磁轴承系统的控制量，控制所述轴承转子的悬浮位移；其中，所述磁轴承系统的控制量，是通过控制该一个自由度的轴承线圈，控制所述轴承转子的控制量。该方案，通过基于磁轴承系统观测的总扰动与预测扰动，对磁轴承系统的控制量进行补偿，以满足磁轴承系统的位移精度要求。