本发明属于椭偏测量相关技术领域，并公开了一种微光斑椭偏仪中的微透镜偏振效应校准方法。该方法包括下列步骤：(a)采用椭偏仪测量样品在有和无微透镜的情况下的穆勒矩阵，以此获得微透镜的测量穆勒矩阵Mm；(b)将微透镜等效为相位延迟器，将来自椭偏仪并透过微透镜的光线离散为多条均匀分布的光线，根据每条光线的穆勒矩阵计算获得微透镜的初始穆勒矩阵；(c)比较微透镜的测量穆勒矩阵与初始穆勒矩阵，调节所述微透镜特征值的初始值，直至初始穆勒矩阵等于测量穆勒矩阵，此时特征值为所需的特征值；(d)构建微透镜的相位延迟量和穆勒矩阵的关系式，计算获得微透镜实际的相位延迟量和穆勒矩阵。通过本发明，校准方法简单，适用范围广。