本发明公开一种改进的船用燃料电池顶推船‑驳船混合动力系统及其控制方法，顶推船系统包括超级电容、第一DC/DC、燃料电池系统、第二DC/DC、第一逆变器、电机、推进器、第二逆变器、第一生活负载和整船能量管理与控制系统；驳船系统包括锂电池、第三逆变器、第二生活负载。系统采用燃料电池、超级电容和锂电池方案，可以满足单独驳船工作时的能量需求；单独顶推船工作时，超级电容和燃料电池系统配合工作，能够更好地满足推进系统变化的功率需求；顶推船和驳船连接在一起工作时，燃料电池、超级电容和锂电池互相配合，能够更好地满足功率和能量需求，能够减少锂电池的使用，降低对燃料电池系统的性能要求，大幅度降低了整个系统的成本。