本发明提供一种智能变电站USB接口安全管控系统及方法，该系统包括USB管控模块、USB安全服务器和USB安全管理机；所述USB管控模块包括USB公口、USB母口、管控MCU、线路切换器USB公口用于插入电力设备，USB母口用于移动存储介质插入，所述管控MCU用于计算插入USB母口的移动存储介质中目录和文件的Hash值，若计算出的Hash值与预先存储于的移动存储介质的Hash值匹配，则控制线路切换器切换USB母口的通信线路到USB公口。本发明有效避免了U盘病毒、木马等USB接口攻击方式对电力设备的攻击，可对USB接口进行有效防护又不影响USB接口的正常工作。