本申请涉及植物提取技术领域，具体公开了一种具有美白、抗氧化活性的藜麦肽及其制备方法和应用。采用碱性蛋白酶、木瓜蛋白酶和酸性蛋白酶组成特定的复合蛋白酶对藜麦蛋白进行分级酶解，先在一定pH和温度条件下加入碱性蛋白酶酶解，然后调节pH和温度条件，加入木瓜蛋白酶酶解，然后进一步调节pH和温度条件，加入酸性蛋白酶酶解，即得到藜麦肽。本申请的藜麦肽分子量小，具有较高的羟自由基清除率、DPPH清除率和酪氨酸酶抑制率，具有美白、抗氧化性作用。因此本申请制备的藜麦肽可以用于化妆品、保健品或食品中。本申请的方法操作简单，安全性高，易于工业化，对充分利用藜麦资源，开发功能性产品具有重要意义。