本公开提供一种微电网群同期控制方法和系统，所述微电网群同期控制系统包括中央控制器，所述中央控制器被配置为：从多个微电网中的每个接收并网点的电压测量值；对所述电压测量值进行比例积分调节，并得到上一时刻的电压测量值与当前时刻的控制值之间的差分，以估计针对每个微电网的下一时刻的控制指令；以及向所述多个微电网中的至少一个微电网发送控制指令，以通过锁相控制调节所述多个微电网之间的合闸同期。能够保证所采集数据的准确性和实效性以及控制的有效性，极大限度提升了微电网群同期合闸成功率。