本发明公开了一种车辆发动机散热风扇的直流无刷电机控制方法及系统，包括：利用端电压法确定直流电机换相时刻的范围；利用线反电动势法推导出下一次换相的时刻；当线反电动势法推导出的换相时刻不属于端电压法确定的直流电机换相时刻范围时，基于最小二乘估计方法，利用历史电流、历史换相间隔变化参数推导出理想的换相时刻，作为直流电机下一次的换相时刻。本发明利用端电压法推导出一个换相时刻的范围，用于对线反电动势法的推导的换相时刻结果进行范围限定；采用最小二乘估计方法，根据历史电流、历史换相间隔变化等参数推导理想的换相时刻，在线反电动势法与端电压法两算法结果冲突时，保证电机正常运行。