本发明提供一种用于智能汽车的车载芯片安全防护系统及方法。本发明在对原始指令数据进行存储前，先通过哈希运算获得一个随机的信头，然后利用该信头对原始指令数据进行异或，使得存储的数据具有随机性。由此，本发明能够防止外部攻击者通过对比特信号的解码而获得原始指令数据的内容。本发明在读取编码指令数据进行解码时，直接利用其上所拼接的信头进行编码的逆运算，就可获得待校验指令数据。由于哈希运算具有“单向”的特性而其输出值均匀散列，因此，本发明对该数据的校验过程，可直接通过校验还原该待校验指令数据所对应的信头来实现。由此，本发明能够有效识别原始指令数据在存储、执行的任意环节被篡改，从而有效保护车载芯片的信息安全。