本发明公开了一种雄性不育基因MsJMT的应用及恢复紫花苜蓿雄性不育的方法，属于生物工程技术领域。本发明提供了一种MsJMT基因的应用，所述MsJMT基因如SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列，所述的应用是：通过过表达MsJMT基因从而获得紫花苜蓿雄性不育株系并用其生产种子；本发明还提供一种恢复MsJMT基因过表达导致紫花苜蓿雄性不育的方法，通过构建RNAi表达载体，利用遗传转化手段转化上述育成的紫花苜蓿雄性不育株系，使其恢复育性及野生型表型；本发明创制的紫花苜蓿雄性不育株系以及提供的恢复该雄性不育株系育性的方法，在杂交紫花苜蓿构建和农业生产上具有十分重要的应用。