本发明公开了一种双功能光酶协同催化剂及其制备方法与应用，该双功能光酶协同催化剂的制备方法是利用不稳定配体通过配体交换来修饰金属有机骨架材料，然后通过热处理过程除去不稳定配体得到中孔金属有机骨架材料，接着利用光催化剂通过配体交换来修饰中孔金属有机骨架材料，得到具有光催化性能的中孔金属有机骨架材料；然后将脂肪酶包裹在具有光催化性能的中孔金属有机骨架材料内部。所述双功能光酶协同催化剂可用于催化2‑芳基吲哚及其衍生物与酮类化合物的不对称光酶协同反应。本发明的双功能光酶协同催化剂具有非均相性，即具有光催化性又具有酶催化性，同时提高了酶的催化效率。