本发明涉及芯片时钟检测技术领域，特别涉及一种SoC芯片时钟功能验证方法及系统，从SoC芯片外部管脚中选取用于引出芯片内部待测时钟的测试管脚；利用时钟仿真验证平台并根据芯片内时钟网络分布级数，对内部各时钟频率进行遍历，依次选择待测时钟，并通过测试管脚输出对待测时钟频率进行验证确认。本发明将内部待测时钟频率经过一定系数的分频之后引出至外部管脚，在仿真验证平台中，根据芯片内部时钟网络分布的级数，通过对不同层级的寄存器配置操作，可完成对全芯片所有时钟的时钟频率进行遍历和自动比较，不会遗漏每一个时钟，具有实现简单、自动化验证效率高等特点，适合于时钟网络复杂、时钟频点较多的SoC芯片或大规模ASIC芯片，具有较好应用前景。