本发明公开了一种跨尺度微纳结构激光制造检测系统及控制方法，包括可编程SoC主控芯片、激光发生器、光子转换器、显示交互平台、压电控制器和微纳米平移台；微纳米平移台承载微纳结构，通过压电控制器由主控芯片实现位移控制，由激光发生器产生激光完成制造和检测，并通过光子转换器实现检测结果读取；检测控制方法能实现三种模式在线检测控制；本发明构建了一套效率较高、成本较低和有较高良品率的跨微纳尺度激光制造检测控制系统，弥补了当前跨尺度微纳结构制造在纳米精度在线检测方面的不足，对微纳结构的良品率进行有效的控制。