本发明公开了一种基于时空数据的结构安全预警方法，包括以下步骤：收集目标结构的变形监测数据和病害监测数据，并收集目标结构的工程特征数据；将上述三类数据形成连续时空数据并做归一化和独热编码处理，划分训练集和测试集；构建预测变形的第一深度学习模型并进行训练，用测试集检验模型；预测结构变形并将变形结果保存；构建预测病害的第二深度学习模型，按时间划分训练集和测试集，训练该第二深度学习模型并用测试集检验；预测结构病害，并将变形预测和病害预测反馈，进行结构安全状态的预警。本发明的优点是：解决了以往结构安全预警忽略空间特征的问题，充分利用结构变形病害数据和特征数据中的时间和空间关联性，得到更可靠的预测结果。