本发明公开了一种采用分子蒸馏法拆分外消旋手性化合物的方法，将外消旋手性化合物溶于聚合物溶剂中，所述的外消旋手性化合物为脂溶性化合物，能作为氢键供体与氢键受体结合形成氢键，所述的聚合物溶剂为低聚(L‑乳酸)或L‑乳酸和羟基乙酸的嵌段低共聚物，将分子蒸馏系统抽真空，将所得溶液预热升温进入第一级分子蒸馏器进行一级蒸馏，分离单一构型的手性化合物；将分子蒸馏系统抽真空；将所得一级蒸馏的重组分再次预热升温，进入第二级分子蒸馏器进行二级蒸馏，提取其中的另一种构型的手性化合物。本发明创新性地将外消旋手性化合物溶解在低聚(L‑乳酸)以及L‑乳酸和羟基乙酸的嵌段低共聚物中，L‑乳酸其生产原料易得，分离成本低。