本发明提供一种基于同态加密的密文预测方法，涉及密文预测技术领域。本发明的方法采用C/S架构即客户端/服务端架构实现，包括数据预处理、密钥生成、同态加密、密文RNN运算、同态解密五个步骤，客户端完成数据预处理、密钥生成、数据同态加密后即可上传到云机器学习端，交由云服务器完成密文预测工作；云机器学习端，先基于已公开数据集完成训练阶段，在接收到用户的密文预测请求时，运行密文RNN运算，将得到的密文结果发送给客户端，客户端进行同态解密得到明文。本发明使用同态加密技术来保障用户隐私，克服了现有机器学习模型只能预测明文数据的不足，从根本上解决隐私保护问题。