本发明涉及一种河湖水系动力重构方法、设备及计算机存储介质，方法包括获取预定水域的动力特性，以该动力特性对该预定水域内的所有河流进行聚类、得到各个类；对动力特性不同的各个类分别进行空间分布格局分析；在空间分布格局分析完成的基础之上，构建动力匹配多目标优化模型和布局优化模型，并分别对其求解。本发明用于定量描述河湖水系水安全适配程度，通过对河流进行系统聚类，得到动力特性不同的多个类，各个类包含动力特性相似的若干条河。以类为单位描述河流动力的空间差异性，对动力特性不同的各个类分别进行空间分布格局分析，然后基于其空间分布格局总结概括空间分布的位置规律。