本发明涉及一种基于有效区域的多目标优化设计方法，采用细菌觅食算法将通信系统优化设计目标函数作为细菌趋向运动的适应值对通信系统的多个设计目标进行联合优化。细菌在设置的有效区域内使用自适应步长和方向向全局最优位置泳动，同时采用动态保留比例不断更新菌群，最后通过找出菌群的最佳调和解求得系统的最佳设计方案。为了确保系统多目标最佳优化设计方案在系统的有效区域内，本发明在细菌趋向运动的过程中引入有效区域。本发明通过自适应步长和方向使得细菌快速达到全局最优，有效解决了通信系统设计面临的复杂多目标优化设计难题。