本申请涉及伺服电机的控制方法以及控制系统，所述方法包括：获取主轴和从轴的转矩差值、所述主轴和所述从轴的速度差值、所述主轴和所述从轴的位置差值以及所述主轴的目标位置值；根据所述主轴和所述从轴的转矩差值进行速度补偿；根据速度补偿值，以及所述主轴和所述从轴的速度差值进行位置补偿；根据位置补偿值，以及所述主轴与所述从轴的位置差值，生成位置偏差补偿值，并根据所述位置偏差补偿值与所述主轴的目标位置值，生成所述从轴的位置指令值。本申请解决了伺服电机的主从轴在位置、速度以及转矩都可以同步运行，进而提高伺服电机同步控制精度的技术问题。