本发明提供了三株可以作为小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)相关实验的对照的标准菌株，所述标准菌株具有典型的小肠结肠炎耶尔森氏菌菌落形态和生理生化特征，可用于检验小肠结肠炎耶尔森氏菌选择性培养基的准确性，同时可以作为小肠结肠炎耶尔森氏菌常见生理生化表型及分子特征的检测中的对照样品；所述标准菌株含有相应的特异性分子靶标(如SEQ ID NO:1～11所示的核苷酸序列)，还提供了含有所述分子靶标特异性的特异性PCR扩增引物。本发明还提供了一种小肠结肠炎耶尔森氏菌的冻干保护剂，所述保护剂其冻干存活率能达到85％以上；在‑20℃条件下保存可以保证其数量级至少一年以上不发生变化，因此可用于长期储存质控菌株。