本发明提供了一种小分子化合物在制备防治或治疗蚕微粒子病药物中的应用。该小分子化合物的结构如通式(I)所示针对家蚕微孢子虫的核心蛋白，上述小分子化合物基于主流的分子对接技术，利用虚拟建模技术获得其三维结构。本发明小分子化合物可用于制备防治家蚕微粒子病的药物，当所述小分子化合物在细胞中使用终浓度在0.5μM以上时能够抑制家蚕微孢子虫的复制，而在1mM以上浓度添食家蚕能够显著降低家蚕微粒子病的发病率。本发明可用于防治家蚕微粒子病的药物研发及生产，具有应用推广价值。