本发明属于磁悬建模浮轴承建模领域，提供了一种多参数不确定性情况下的磁悬浮轴承建模方法及系统。其中，多参数不确定性情况下的磁悬浮轴承建模方法包括获取磁悬浮轴承的转子振幅及气隙参数，并计算磁悬浮轴承的振幅气隙比；将计算的振幅气隙比与设定振幅气隙阈值比较，若前者大于或等于后者，则构建高阶截断误差界及其他不确定性参数界的情况下的磁悬浮轴承模型；若前者小于后者，则构建在磁支承力不确定性误差界及其他不确定性参数界的情况下的磁悬浮轴承模型；将构建的相应磁悬浮轴承模型采用相匹配的控制策略进行仿真，以精确控制磁悬浮轴承且评估磁悬浮轴承的动力响应。