本发明提出一种港口外来生物入侵灾害跟踪监测系统，是由无人机、浮标本体、数据/图像处理模块、监控平台及生物物种信息系统组成；无人机将港口外来生物入侵灾害情况通过数据及图像的方式传送至数据/图像处理模块；浮标本体上的可探测分子探头将水体叶绿素a浓度、温盐度、浊度、PH值等生物入侵指示指标及探测位置等数据经GSM网络传送至数据/图像处理模块；数据/图像处理模块将获得的数据及图像进行处理并在监控平台上显示，并将赤潮外来生物截获记录、入侵动态及图像等信息发送至生物物种信息系统。该跟踪监测系统能对港口外来生物入侵灾害情况进行实时、准确的跟踪反馈，为灾害应急反应提供技术支撑。