本发明实施例公开了一种燃料电池系统及其控制方法，方法包括：获取燃料电池堆中每个电堆单元的电信号，判断电信号中的最大值与最小值是否位于第一预设危险范围；若位于，则分别调节电信号的最大值与最小值对应的电堆单元的燃气供气量，以均衡电堆单元的放电。本发明实施例提供的技术方案能有效识别电池堆中电堆单元放电的不一致性程度，并对其进行相应的调节，保证每个电堆单元的电信号处于安全工作范围内，从而提高了燃料电池堆输出电力的稳定性，延长了燃料电池系统的寿命。