本发明涉及一种基于自然子流域的通用流域水循环模拟计算方法，本发明以自然子流域作为产流、坡面汇流的计算单元，各个子流域的面雨量输入采用本次发明的高容错面雨量计算方法计算得到。而各个子流域可采用不同的产汇流模型以充分反映气候、下垫面特性，子流域之间通过拓扑关系模型及水动力学模型实现河网汇流，最终计算得到各个子流域出口断面的流量过程。对于跨流域引调水工程影响，则概化为上游流量过程输入边界下，单一河道流量演进对于最邻近下游子流域出口出流的增减影响。本发明可为流域水资源分析计算、流域水资源优化配置提供有力的理论及技术支撑。