本发明提供一种车载控制器的调试方法、调试设备、调试系统及可读存储介质，首先匹配调试者与硬件安全钥，对使用的调试人员和使用设备有严格的限制，只有一一匹配的调试者与硬件安全钥，才可以进一步操作。进一步的，车载控制器的数据均为加密数据，而解密密钥在服务器对硬件安全钥验证通过后下发，可以实现不同的车载控制器使用不同的解密密钥，并且可在服务器上进行限制访问控制，安全等级高。由此，可不对车载控制器的PCB板上的调试端口作分散改动，不会给具有权限的调试者的调试过程带来不变，而同时大大提高了车载控制器的安全性。