本发明提供了一种基于液滴萃取的质谱分析方法，包括以下步骤：（A1）获得无进样时，质谱仪输出的质谱信号作为背景信号；（A2）产生单液滴，并施加在待测样品上；所述待测样品被所述单液滴萃取；（A3）取样所述待测样品的萃取物质；（A4）取样的萃取物质被离子化，并送质谱仪分析；（A5）所述质谱仪输出的质谱信号除去所述背景信号，获得差值信号；若所述差值信号中的特征峰的强度超过阈值，所述质谱仪正在进样，进入步骤（A6）；若所述差值信号中的特征峰的强度不超过阈值，所述质谱仪无进样，进入步骤（A7）；（A6）分析所述差值信号，从而识别出待测样品；（A7）停止离子化。本发明具有精度高、分析效率高等优点。