本发明涉及基因工程和微生物蛋白表达领域，公开了梯度调控芽胞杆菌启动子启动效率的序列组合及应用。本发明以地衣芽胞杆菌DW2杆菌肽合成基因簇启动子PbacA为基础，将启动子PylB、Pndh的5’UTR分别替换PbacA的5’UTR、以获得一组适用于芽胞杆菌的强、中和弱启动子（PUbay、PbacA、PUndh）。接着，以绿色荧光蛋白GFP、红色荧光蛋白GFP、角蛋白酶KER为目的蛋白，梯度型启动子PUndh(弱)、PbacA(中)、PUbay(强)分别实现不同蛋白在不同芽胞杆菌(地衣芽胞杆菌DW2、解淀粉芽胞杆菌HZ‑12、枯草芽胞杆菌168)中的不同表达水平的表达。