本发明提供了一种科研文档管理方法及应用其的管理系统，所述管理方法包括录入方法和修改方法，所述录入方法包括从文档录入端系统接收用于列出项目的性能数据的请求，所述请求与关键字或类别相关联；处理所述请求以检索与文档数据相匹配的类别号；基于使用关键字或类别的搜索，确定指示具有多个搜索结果的搜索结果列表中的项目中的至少一个值；并提供类别号数据和至少一个表示值；本发明通过所述安全监护单元还能够对所述文档的更新进行监控，并对所述文档的更新的各个状态进行记录，并基于所述文档的搜索使得所述文档的保存和转移起到保证。同时，还改善了文档的效率低下的缺陷。