本发明公开了一种特高压直流控制保护合并单元运行状态评价方法及系统，本发明方法包括采集室外设备运行环境数据、室内设备运行环境数据、合并单元运行数据提取得到状态评价特征；分别输入自适应模糊神经网络模型和深度学习最小二乘支持向量机模型，将输出两种状态评价结果数据通过线性融合模型得到综合状态评价结果数据；将综合状态评价结果数据和合并单元状态评价标准库对比获得合并单元的状态评价结果，并根据状态评价结果随机扰动调节线性融合模型的线性系数以提高线性融合模型的泛化能力。本发明能够实现合并单元的状态准确评价，有效解决特高压直流控制保护合并单元运行状态实时监测、评价方法的欠缺与滞后的问题，并且可靠性高、实用性强。