本发明提供一种微尺度风模型控制系统包括：中尺度气象模型对接模块，用于接收中尺度气象数据，自动生成微尺度风模型运行子区域，高效提取气象驱动要素场；运行配置模块，用于批量生成微尺度风模型子区域配置文件，建立运行环境，生成静态数据集；作业提交与监控模块，用于自动提交各个分析区域的运行作业，并集中监控作业运行；微尺度风模型模块，用于基于搜索算法，生成指定分辨率和区域的微尺度三维风场；偏差订正模块，用于基于测风塔数据，对所述微尺度风模型计算结果进行系统偏差订正。本发明可以将公里级中尺度气象模型模拟结果降尺度到百米甚至几十米空间分辨率，并且保证结果合理、计算量小，能够自动化配置和运行系统，减少人力需求。