本发明提供一种基于Merkle树的电能质量数据交换格式文件完整性校验方法及系统，所述方法包括步骤一、用户端向小文件传输节点发送小文件下载请求，小文件传输节点向用户端传输小文件以及对小文件进行完整性校验所需要的所有路径哈希值Pi，其中每个小文件作为数据分块构建一个二叉树结构，最底层的结点哈希值可得到最高层的哈希值也就是根结点H0；步骤二、用户端利用哈希算法得到所下载小文件的哈希值Hi；步骤三、用户端利用哈希值Hi和路径哈希值Pi得到待校验值Ci，根据待校验值Ci是否等于根结点H0判断小文件是否下载成功。本发明可以提升校验效率高，而且准确性高，节省时间。