本发明公开了一种高压厂用变分支零序保护配置系统及方法，包括高压厂用变高压侧封闭母线、高压厂用变、高压厂用变低压侧封闭母线、高压厂用母线工作进线开关、高压厂用母线工作进线开关下口CT、高压厂用母线、高压厂用变低压侧中性点零序CT、高压厂用变低压侧中性点接地电阻、高压厂用变保护装置，通过高压厂用母线工作进线开关下口CT自产零序电流，区分高压厂用变分支零序保护故障区域，仅通过一时限实现不同的出口方式，该种高压厂用变分支零序保护配置系统及方法通用性强，安全性高，适用于各类高压厂用变低压侧中性点经小电阻接地系统。