本发明公开的一种针对群体重要功能突变比较遗传变异差异的方法，利用预测软件或实际功能验证试验对突变功能的评估获得功能突变的集合后给予这些功能突变更高的权重值，利用二代测序技术或基因分型技术如SNP芯片获取某群体中各个个体的基因型信息后计算群体某多态性位点的基因频率，利用本方法所述的计算公式可批量计算以基因为单位的遗传多态性在不同人群之间的差异程度。所述方法将遗传单元从单个多态性位点上升到单个基因，从而可以比较某基因的全部功能突变在不同群体间的差异程度，以预测某些基因相关表型在不同群体间的差异及指导基因相关遗传研究在不同群体间的开展。