本发明提供一种基于激光与液体相互作用调控的复杂三维微孔加工方法，包括将待加工样品固定放置于容器中，容器固定在六维平移台上；配制乙醇水溶液，然后将其加入到容器中直至没过待加工样品上表面；飞秒激光系统产生飞秒激光后，利用能量调节装置调整激光能量，并使出射飞秒激光的偏振方向为水平；调节后的光束经过反射镜垂直入射到水浸物镜，通过水浸物镜聚焦，并使焦点位于待加工样品的下表面以下；控制六维平移台移动，使透过水浸物镜的焦斑光束与待加工样品做相对运动，使飞秒激光进行特定轨迹的扫描烧蚀，从而实现在待加工样品上加工复杂三维微孔；解决了现有传统液体辅助飞秒激光加工微孔时存在的问题，实现更高深径比的复杂微孔加工。