本发明涉及一种微电机转子的转动定位结构，包括架体、磁铁和自转件；架体具有分叉部，装设于分叉部的磁铁围绕所插入的转子的转子极；在架体的上、下侧设置有供转子光轴滑动插入的开口槽，开口槽的槽宽略大于转子光轴的轴径；自转件装设于分叉部的结合处，所插入转子的转子光轴的轴心与自转件的轴心具有细微的偏心距，所插入的转子受磁铁吸附而向前靠拢并触碰自转件构成自转件的转动体自转及所插入转子自动转动的结构；在转子光轴插入至开口槽的抵靠端时，自转件的转动体的边缘与转子的二个转子极的边缘卡接限位而构成对转子定位的结构。具有结构简单、自动定位、工作效率高的优点。