本发明提供了一种码头升级改造结构及码头升级改造施工方法，其中码头升级改造结构包括设置于旧码头朝向水域一侧的新建码头，新建码头底部设有多个基桩，旧码头与新建码头之间留有空间，空间内设有多个过渡板，过渡板一端设置在旧码头上，另一端设置在新建码头上，过渡板的后侧面与旧码头之间设有缓冲板，其前侧面与新建码头之间也设有缓冲板，过渡板的下侧面与旧码头和新建码头之间分别设有缓冲垫。本发明提高旧码头升级改造施工效率，缩短施工周期，降低施工成本，减少旧码头因升级改造导致的运营中断时间。