本发明公开了一种供电控制装置、磁悬浮系统及其供电控制方法，该装置包括：控制单元，用于确定两个以上开关电源中的一个开关电源为主电源，并控制主电源通过与单向开关向磁悬浮系统的轴承控制器供电；同时，确定其它开关电源为备用电源，并控制备用电源空载输出；以及，在原来作为主电源的开关电源故障的情况下，将原来作为备用电源的一个开关电源确定为新的主电源，并控制新的主电源通过单向开关向磁悬浮系统的轴承控制器供电；同时，确定其余开关电源为新的备用电源，并控制新的备用电源空载输出。该方案，可以解决磁悬浮轴承控制器的开关电源损坏时影响磁悬浮系统的可靠性的问题，达到提升磁悬浮系统的可靠性的效果。