一种基于模式滤波器的硅基磁光隔离器，包括模式滤波器以及法拉第旋光器，模式滤波器采用嵌入透明导电氧化物层的条形硅波导结构，法拉第旋光器采用条形磁光材料结构；正向传输的横电场模的输入信号从模式滤波器输入，在通过模式滤波区之后，进入法拉第旋光器并实现45°的偏振旋转后输出；被反射的反向传输光从法拉第旋光器输入，进入法拉第旋光器沿原方向继续旋转45°，共旋转90°后反向传输光由横电场模变为了横磁场模，进入模式滤波器的滤波区时，被透明导电氧化物层损耗，从而实现了反向传输光的隔离。本发明具有隔离度高，插入损耗低，器件尺寸小，易于CMOS集成等特点。