本发明公开了一种面向维护系统星型拓扑结构的FPGA优化方法及系统，方法包括：S100、在多个FPGA分片中的每个FPGA分片内增加一个维护中继模块与核心功能模块互连，用以将原来的单拍逻辑变为多拍逻辑；S200、基于多个FPGA分片内的维护中继模块，将多个FPGA分片与维护系统功能模块之间的连接结构从星型拓扑结构转换为串行结构。本发明将星型拓扑结构转换为串行结构，解决多核规模下维护系统的多片FPGA互连问题；增加维护中继模块，将原来的单拍逻辑变为多拍逻辑，使用触发器将穿片逻辑打两拍，解决穿片逻辑时序收敛问题。