本发明公开了一种深水隔水管应急悬挂管柱系统和方法，所述方法包括以下步骤：S1：拆卸连接在常规隔水管上部的工具，再驱使常规隔水管向上运动至第一预设高度，以使得常规隔水管下部与海底泥面的距离大于50米；S2：使用挠性接头将常规隔水管和送入隔水管连接起来；S3：判断挠性接头的位置是否低于钻井平台的月池内的采油树滑车的位置，若否，则下放常规隔水管和送入隔水管，若是，则执行S4；S4：驱使采油树滑车运动至钻井井口中心；S5：将送入隔水管调整至采油树滑车中心处；S6：通过顶驱将送入隔水管上提至第二预定高度。本发明通过顶驱取代传统的隔水管张紧器，满足软悬挂的需求，同时利用采油树滑车对隔水管进行扶正，避免发生碰撞。