本发明公开了一种APPV病毒的PCR引物、探针及其鉴别方法，鉴别APPV病毒的微滴数字PCR反应体系为：ddPCRTM Supermix for Probes(no dUTP)、具有如SEQ.ID NO1所示核苷酸序列的上游引物、具有如SEQ.ID NO2所示核苷酸序列的下游引物、具有如SEQ.ID NO3所示核苷酸序列的探针、待检测样品的cDNA和水。本发明的微滴式数字PCR方法能够快速检测，具有良好的特异性，其能检出的最低检测限为0.15copies/μL，灵敏度高，而且组内组间重复试验变异系数均小于6％，具有良好的重复性和稳定性。