本发明公开了一种双根钻杆绳索取芯方法、系统及其控制器，所述方法包括以下步骤：先向钻井中的第一双根钻杆中投放绳索取芯钻具内管，再抓取至少两根单根钻杆放置在钻杆上扣组件上进行连接接成一根第二双根钻杆，然后将第二双根钻杆的上接头与顶驱连接、下接头与第一双根钻杆连接，再通过顶驱驱使钻杆开始钻进作业，每钻进一定距离，通过绳索取芯工具将绳索取芯钻具内管取出，并放置到岩心处理区域。本发明通过钻杆上扣组件将多个单根钻杆组成双根钻杆，以减少占用钻井口的时间，提高钻井作业的效率，同时减少钻杆与顶驱连接的一半次数，降低井下事故发生的几率。