本发明涉及沉管压载系统技术领域，具体涉及一种沉管压载系统拆除及置换混凝土施工方法，包括：在保证满足抗浮系数大于1.05的前提下，选择从所述沉管轴线第一侧的第一端的端部水囊开始施工，利用沉管压载系统管路控制装置，通过调节相应的阀门，对需要注水的水囊通入设计水量，从第一侧的端部水囊至第二侧的端部水囊，两侧依次交替拆除端部水囊并压载混凝土，直至所有水囊拆除、压载混凝土施工完毕；在沉管安装完成后，采用上述方法，在满足沉管抗浮系数大于1.05的情况下，逐个将水囊排水后拆除，来依次置换混凝土，简单有序，置换效率高，而且通过对沉管抗浮系数进行控制，沉管不会发生上浮或移位的问题，保证了沉管安装质量及施工安全。