本发明公开了一种变流器三端口电磁干扰模型参数提取方法，包括：(1)根据功率变流器三端口电磁干扰模型拓扑，设计端口测试方案，选定外加测试电路的元件值，测得多组不同的端口电压电流时域数据；(2)利用apFFT结合时移相位差补偿的方法对端口电压电流时域数据进行时频变换，得到精度更高的端口电压电流频域幅值和相位；(3)利用仿真软件拟合得到三端口模型中的等效电流源和等效内阻的频谱幅值，并通过实验验证模型精度。与现有的变流器电磁干扰等效内阻提取方法相比，本发明测试过程方便，外加测试电路对模型精度几乎无影响，通过优化的数据处理方法得到高精度的端口EMI模型，为后续的EMI滤波器设计提供了重要的理论支撑。