本发明公开了一种连续制备不同脱乙酰度甲壳素/壳聚糖微球材料的方法。首先将甲壳素和氢氧化钾溶液混合，加热进行脱乙酰化反应，然后将壳聚糖和氢氧化钾溶液的混合物加水稀释到一定浓度后降低温度，加入稳定剂，在冰点以上温度持续搅拌使之快速溶解。将溶解了甲壳素/壳聚糖的碱性水溶液和油相通过膜乳化器、微流控设备和常规搅拌装置制备乳液，通过使用凝固剂，甲壳素/壳聚糖乳滴转变为甲壳素/壳聚糖微球，将微球洗涤干燥后得到微球成品。在制备微球的过程中引入功能性组分，得到功能性微球材料。将制备的微球碳化后得到氮元素掺杂的碳气凝胶微球。本发明避免了制备不同脱乙酰度甲壳素/壳聚糖微球材料过程中分离和纯化步骤导致的不连续性。